Фонд содержит более 30 тыс. предметов, в том числе предметы из крупнейшего мезолитического Оленеостровского могильника; крупную коллекцию первобытной керамики и каменных орудий из археологических памятников, открытых на территории Карелии; гранитные плиты с петроглифами с мыса Пери Нос (Онежское озеро), «сейд» с острова Немецкий Кузов. Особую часть фонда составляют материалы по археологии раннего средневековья – уникальные сокровища курганов приладожской веси X-XIII вв., предметы XVI-XVII вв. из раскопок Соловецкой «Железной пустыни»; и археологии Петровской слободы XVIII-XIX вв.
Основными тематическими коллекциями фонда являются:
