Фонд Археология Карелии
Фонд содержит более 30 тыс. предметов, в том числе предметы из крупнейшего мезолитического Оленеостровского могильника; крупную коллекцию первобытной керамики и каменных орудий из археологических памятников, открытых на территории Карелии; гранитные плиты с петроглифами с мыса Пери Нос (Онежское озеро), «сейд» с острова Немецкий Кузов. Особую часть фонда составляют материалы по археологии раннего средневековья – уникальные сокровища курганов приладожской веси X-XIII вв., предметы XVI-XVII вв. из раскопок Соловецкой «Железной пустыни»; и археологии Петровской слободы XVIII-XIX вв.
Естественно-научный фонд
Фонд содержит около 12500 предметов, в том числе образцы железных руд, крицы из сыродутных домниц – крестьянских горнов для выделки железа, фрагменты печи Туломозерского завода 19 века, изделия тивдийских камнерезов-кустарей 19 века, образцы продукции камнеобрабатывающих предприятий республики, чучела животных, предметы остеологии и энтомологические коллекции, гербарии и палеонтологические образцы.
Фонд Ткани
Фонд содержит около 6500 предметов, в том числе этнографические костюмы 18- начала 20 веков из Поморья, Каргополя, Пудожья, военное обмундирование и гражданский костюм 20 века. Головные уборы представлены кокошниками, повойниками, чепцами, "подчелками", сороками с вышивкой, очельями сорок тверских карел, поднизями и корунами различных регионов Карелии. Около 800 образцов вышивки охватывают территорию Пудожья, Каргополья, Заонежья, Поморья, Южной Карелии, территории проживания прионежских и оятских вепсов, тверских карел.
Фонд Изобразительные источники
Фонд содержит около 3300 предметов и является собранием работ в основном карельских мастеров. Включает в себя не только живописные и графические работы, но и коллекцию скульптуры. Также в фонде хранятся архитектурные зарисовки Р.М. Габе начала 20 века, представляющие архитектуру Русского Севера и графические листы 19 века с изображением Александровского завода, старообрядческий лубок первой половины 19 века, "купеческие портреты" 19 века, портреты губернаторов и вице-губернаторов Олонецкой губернии, коллекция работ немецкого художника Г. Фогелера, документально запечатлевшего этапы социалистических преобразований в Карелии 1930-х г., коллекция работ художника Г.А. Стронка.
Фонд Фарфор. Керамика
Фонд содержит около 1300 предметов и включает образцы изделий из фарфора - мелкую пластику и посуду, этнографические предметы из керамики и стекла. Коллекция западноевропейского и русского фарфора 18-20 веков содержит образцы изделий Императорского фарфорового завода, частных заводов Гарднера, товарищества Кузнецовых и др., образцы продукции фарфоровой фабрики Мейсен, Австрии, Франции, Англии, Дании и др.
Фонд Дерево
Фонд содержит около 6000 предметов. Наиболее яркой коллекцией в тематическом плане является собрание прялок из Пудожья, Поморья, Заонежья, средней и южной Карелии - около 200 предметов; традиционные музыкальные инструменты финно-угорских народов Карелии, среди которых наиболее ценными являются карельские кантеле 19 века.
Фонд Металл
Фонд содержит около 5500 предметов, включая медное литье старообрядческих общин, военная продукция и художественное литье Александровского завода, действующие модели домны и сверлильного цеха, изготовленные в середине 19 века, предметы метрологии, производившиеся на заводе – торговые и рабочие меры, измерительные приборы, использовавшиеся для проверки военной продукции.
Фонд Письменные источники
Фонд содержит около 50 тысяч предметов и включает разнообразные текстовые, нотные, картографические и книжные издания в основном на русском и финском, а также и на других национальных языках, охватывающие период с 16 века по настоящее время. Наибольший объем хранения приходится на коллекцию документов 19 - 20 веков около 11 тысяч единиц хранения.
Фонд Фото-документы
Фонд содержит около 50 тысяч предметов и включает собрание негативов и позитивов 19-20 веков. Наиболее редкие фотографий 19 - начала 20 веков. К.Йогансона, М.Роскина, К.Булла и других; фотоматериалы фольклорных и этнографических экспедиций, в т.ч. экспедиции Золотарева по Северу Карелии в 1920-е гг., альбом фотографий фольклорной экспедиции братьев Соколовых в Заонежье; фотонегативы инженера А.М.Азанчеева по строительству Мурманской железной дороги 1915-1916 гг., а также отдельные снимки и альбомы по этой теме; альбомы по строительству Беломорско-Балтийского канала 1931-1933 гг.